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Wenn du WordPress mit Permalinks einrichtest, wird eine .htaccess mit einer Weiterleitungsregel angelegt, die (verkürzt dargestellt) alle Anfragen für nicht vorhandene Dateien und Verzeichnisse an die index.php weiterleitet, damit WordPress dann aus der Datenbank den passenden Inhalt einer Webseite, eines Beitrags, Archivs, etc. abruft und daraus eine Webseite rendert.
Im Umkehrschluss heißt das, dass du eigene Verzeichnisse und Dateien anlegen kannst und bei einem direkten Aufruf eben diese Dateien vom Webserver ausgegeben bzw. zum Download angeboten werden.
Nutzt du eigene Verzeichnisse, ist es sinnvoll, WordPress ebenfalls in einem eigenen Unterverzeichnis zu installieren. Eine Anleitung findest du hier: Giving WordPress Its Own Directory.
Den Zugriff mit Filezilla habe ich und ein einfaches uploaden der Ordner/Dateien hilft nicht.
Das kann ich nicht nachvollziehen. Unter Umständen gibt es bei deiner WordPress-Installation weitergehende Einschränkungen, die ich aber ohne Informationen zur Website nicht einschätzen kann.