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El campo NIF/CIF/NIE se muestra en ambos correos electrónicos en la dirección de facturación desde la primera versión del plugin, y tal y como acabamos de comprobar esta última publicada no es una excepción.
Si en tu caso no se muestra lo único que se nos ocurre es que o bien no utilizas las plantillas de correos electrónicos nativas de WooCommerce, o que algún código personalizado esté manipulando la dirección de facturación que personaliza el plugin para añadir este campo.
Revisa tu instalación ya que es un fallo generado por la misma.
Un saludo.