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Olá Ricardo,
Tendo em conta que tem a versão Pro, poderia ter aberto ticket na área de cliente.
Infelizmente, de momento isto não é possível e não temos planos para implementar num futuro próximo porque nestes casos o WooCommerce não faz sozinho o cálculo dos impostos e, se o dono de loja não os fizer correctamente, a nota de crédito não vai ficar igual ao reembolso do WooCommerce o que vai criar problemas de suporte técnico.