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Buenas tardes, @rodrigoalba .
Vemos que para el selector del producto variable estáis usando el CSS #main [itemtype="http://schema.org/Product"].price ins .amount, .price .amount, el cual usa un esquema que no usa vuestra plantilla (#main[itemtype="http://schema.org/Product"]). Debéis prescindir de dicho esquema en el selector y usar únicamente la parte de .price ins .amount, .price .amount, con este cambio en la configuración del plugin debería tomar correctamente el precio en descuento.
Cualquier otra duda nos decís.
Gracias y un saludo. Álex.