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Hola, @danilodlr:
Efectivamente, la secuencia de los números de factura no necesariamente tiene que seguir la misma secuencia de los números de pedido, tal como lo describiste en tu ejemplo. En muchas tiendas que reciben pagos offline, como cheques, transferencias bancarias o pagos en efectivo, los usuarios suelen activar la factura solo si el pedido alcanza el estado Procesando o Completado (de hecho, es lo recomendado), pero los pedidos no siempre alcanzan estos estados en orden cronológico, de modo que estos casos son bastante comunes y, además, legales en la mayoría de los países (si no en todos).
Dicho esto, si quieres asegurarte de que tus facturas sigan la misma secuencia que tus pedidos, entonces debes crear una factura tan pronto como el cliente ponga el pedido. Esto lo puedes lograr al seleccionar el aviso de correo electrónico Nuevo pedido, que consigues en WooCommerce > Facturas PDF > Documentos > Factura > Adjuntar a.